Với mục tiêu mang lại dịch vụ y tế chất lượng cao và chăm sóc sức khỏe toàn diện cho cộng đồng, Bệnh viện Đa Khoa Huyện Phú Xuyên được tổ chức thành một hệ thống quản lý chặt chẽ, khoa học, với nhiều phòng ban và khoa chuyên môn khác nhau. Cấu trúc tổ chức của bệnh viện được thiết lập nhằm tối ưu hóa hiệu quả hoạt động và nâng cao chất lượng dịch vụ y tế.

Bệnh viện được điều hành bởi Ban Giám Đốc gồm Giám Đốc và hai Phó Giám Đốc, chịu trách nhiệm giám sát và điều phối hoạt động của các phòng chức năng, khoa lâm sàng, cận lâm sàng, và các đơn nguyên chuyên môn. Mỗi bộ phận và khoa trong bệnh viện đều được bố trí hợp lý để đảm bảo việc chăm sóc sức khỏe cho bệnh nhân được thực hiện một cách toàn diện và hiệu quả nhất.

Dưới đây là sơ đồ tổ chức của Bệnh viện Đa Khoa Huyện Phú Xuyên, thể hiện rõ ràng mối quan hệ và sự phân công công việc giữa các bộ phận trong bệnh viện.